Eu to um pouco confuso com relação as similaridades, primeiramente para achar a sequencia principal eu calculo a soma das similaridades das outras sequencias com relaçao a sequencia 1, depois a soma de todas as similaridades com relaçao a sequencia 2, etc...
Ae eu axo o maximo dentre esses valores e escolho a sequencia com tal indice para ser a principal. Até aí OK!
Agora faço o alinhamento multiplio entre todas as sequencias com relaçao a sequencia principal. A minha dúvida é, eu vou precisar calcular uma NOVA similaridade depois das sequencias estarem estarem multiplamente alinhadas? Ou essa similaridade equivaleria a soma das similaridades relativas a cada sequencias calculadas para achar a sequencia principal?
Minha preocupaçao é saber se eu tenho depois q fazer um metodo computacional para ir percorrendo o alinhamento multiplo e ir contando meio q de modo "braçal" essa similaridade. Se esse for o caso, similaridade a soma entre quais similaridades devo achar?
Obrigado!