Ola,
No EP2 estou utilizando o algoritmo de alinhamento multiplo estrela, e os alinhamenos estão sendo identicos aos meus testes, e no conjunto de seq do ep2 q esta no link da pagina, o resultado do alinhamento tbm esta muito parecido.
Mas já o Score nao dá nada haver com o resultado obtido pelo programa clustal.
(talvez eu esteja pontuando errado)
um exemplo de um teste meu
seqs
>1
AATTCCTCCGG
>2
GGCCTTCCTTA
os dois alinhamentos batem (meu e o do Clustal), mas já os scores são muito diferentes.
Meu prog = 91.5
Clustal = 23
analisando as pontuações obtidas pelo alinhamento (igual aos 2; "meu e clustal") temos
1 AATTCCTCCGG-
2 -GGCCTTCCTTA
pontuacao
-6.5 ; 9.5 ; 0 ; 9.5 ; 19 ; 9.5 ; 19 ; 19 ;19 ; 0 ; 0 ; -6.5 = "91.5"
Adotei os valores
(A-G) e (C-T) = 9.5 (Purinas e Pirimidinas)
(A-C) (A-T) (G-C) (G -T) = 0 (outros Resultados)
resultados iguais: = 19
gap com Bases (A-Z) = -6.5 (arredondei de -6.66 para -6.5 para facilitar a soma )
(gap - gap) = 0
Com isso o resultado do alinhamento das seqs da pagina estao parecidas, mas os scores são:
Clustal = 422004
Meu = 1039667
Apenas "617663" a mais!
Está certo? de alguem mais obteram esses resultados?
Estou anexando o resultado do meu alinhamento
Obrigado!
Mauricio Cantão
In reply to Mauricio Cantão
Re: Alinhamentos parecidos mas Scores muito diferente
by José Augusto Soares -
O meu Clustal dá três pontuacões de resultado: 45, 104 e 18. Nenhum deles deu 23. A gente deve estar usando versões diferentes do Clustal ou um de nós mexeu no esquema default de pontuacão do Clustal.
Ao invés de alinhar as 16 seqüências dadas, comece testando com 3 seqüências bem pequenas que é mais fácil para pegar os erros.
Zé Augusto
CLUSTAL W (1.83) Multiple Sequence AlignmentsA segunda pontuacão é 104. Corresponde ao seu 91.5+2x6.6 pois o clustal não está penalizando buracos nas extremidades. Não sei, mas não deve ser difícil de deduzir, quais os esquemas de pontuacão para os valores de 45 e 18.
Sequence format is Pearson
Sequence 1: 1 11 bp
Sequence 2: 2 11 bp
Start of Pairwise alignments
Aligning...
Sequences (1:2) Aligned. Score:
Guide tree file created: [teste.dnd]
Start of Multiple Alignment
There are 1 groups
Aligning...
Group 1: Sequences: 2 Score:
Alignment Score
CLUSTAL-Alignment file created [teste.aln]
kevlar: > cat teste.aln
CLUSTAL W (1.83) multiple sequence alignment
1 AATTCCTCCGG-
2 -GGCCTTCCTTA
* ***
Ao invés de alinhar as 16 seqüências dadas, comece testando com 3 seqüências bem pequenas que é mais fácil para pegar os erros.
Zé Augusto
In reply to José Augusto Soares
Re: Alinhamentos parecidos mas Scores muito diferente
by Mauricio Cantão -
Ola...
Desculpe uma distração eu fiz alinhamento e não coloquei como sendo seqs de DNA, por isso a pontuação deu 23.
Mas agora estão dando 3 valores (45,18,104) O valor q tem q levar em consideracao é o 18. Ok?
As saídas de 2 progs do clustal na web versao 1.82 e 1.83 sao as seguintes. (uzando as mesmas sequencias e alinhamento anterior)
http://www.ebi.ac.uk/clustalw
CLUSTAL W (1.82) Multiple Sequence Alignments
CLUSTAL W (1.83) Multiple Sequence Alignments
Desculpe uma distração eu fiz alinhamento e não coloquei como sendo seqs de DNA, por isso a pontuação deu 23.
Mas agora estão dando 3 valores (45,18,104) O valor q tem q levar em consideracao é o 18. Ok?
As saídas de 2 progs do clustal na web versao 1.82 e 1.83 sao as seguintes. (uzando as mesmas sequencias e alinhamento anterior)
http://www.ebi.ac.uk/clustalw
CLUSTAL W (1.82) Multiple Sequence Alignments
Sequence format is Pearson
Sequences (1:2) Aligned. Score: 45
Aligning...
Group 1: Sequences: 2 Score:104
Alignment Score 18
1 AATTCCTCCGG-
2 -GGCCTTCCTTA
* ***
-----------------------------------------------------
http://clustalw.genome.jpCLUSTAL W (1.83) Multiple Sequence Alignments
Sequence type explicitly set to DNA
Aligning...
Sequences (1:2) Aligned. Score: 45
Start of Multiple Alignment
Group 1: Sequences: 2 Score:104
Alignment Score 18
1 AATTCCTCCGG-
2 -GGCCTTCCTTA
* ***
Senao qual dos 3 valores q temos que levar em consideracao?
E qual a pontuação que temos q considerar?
Para todos os gap com (A-Z) = -6.66, e (gap - gap) = 0
E todas as demais = as do EP anterior.
Sendo assim a pontuacao do meu prog dá 91,5. Então está correto?
A saída das 16 seqs feitas com alinhamento usando DNA são
Group 1: Delayed
Group 2: Sequences: 2 Score:9071
Group 3: Sequences: 3 Score:9873
Group 4: Delayed
Group 5: Delayed
Group 6: Delayed
Group 7: Sequences: 2 Score:10704
Group 8: Sequences: 2 Score:10957
Group 9: Sequences: 4 Score:10730
Group 10: Sequences: 5 Score:10716
Group 11: Sequences: 6 Score:10616
Group 12: Sequences: 9 Score:9054
Group 13: Delayed
Group 14: Sequences: 2 Score:9844
Group 15: Sequences: 11 Score:7137
Sequence:7 Score:9553
Sequence:9 Score:9674
Sequence:2 Score:9475
Sequence:10 Score:9602
Sequence:14 Score:8288
Alignment Score 423146
Obrigado
Mauricio Cantão