Andei brincando com o JAI, e realmente é muito bom no que diz respeito às operações vistas em classe: thresholding, convolução, transformações afins, etc. Mas estou tendo dificuldades com operações simples para manipular pixels. Coisas do tipo "Qual a intensidade de cinza do pixel na posição (x,y)" ou então "Mude a cor do pixel na posição (x,y) para tal cor", e por aí vai.
Também procurei um meio de converter uma imagem em uma matriz de números, para facilitar algumas dessas operações. O JAI converte a imagem para um objeto da classe Raster, mas dei uma lida nas especificações e não achei muito prático... alguém tem outra idéia/solução mais simples?