Oi Jorge,
Utilizaremos os recursos básicos do Java EE, então o Tomcat é suficiente.
Com relação à máquina virtual Java, pode baixar o JDK do Java SE mesmo. O Eclipse para JEE + o Tomcat já vem com as bibliotecas necessárias para a parte EE.
abraço
PS: Pessoal, vamos usar bastante esses fóruns para tirar dúvidas da disciplina. Qq um pode pergutar e responder tb aos colegas (não precisa esperar eu responder tudo - até porque provavelmente vão ter questões que nem eu vou saber responder e alguém já pode ter achado a solução ou tido uma boa ideia para resolver o problema)
PS2: NÃO fique emperrado com um problema. Sempre que houver alguma questão que você não conseguiu resolver após algum tempo tentando e depois de alguma busca na Web, escreva aqui.