Olá Marcelo
Estamos usando em um patch o [block~] para definir o tamanho da janela e o overlap. Neste patch temos o [readfs~] e ele respeita o tamanho da janela mas não o overlap. Usamos o [readfs~] também para marcar o fim do processamento, fechar o arquivo de saída e desligar o DSP. Creio que o problema estava em usarmos o [fprintf~] no mesmo patch que o [readfs~]. Colocamos ele diretamente na saída do fft e a coisa funfou que é uma belezura!
Obrigado.