É bem provável que estes objetos tenham um comportamento pré-definido em função de serem feitos para "tocar" áudio, e não faz sentido tocar um som fazendo overlaps das janelas.
A solução disso é simples: faça a leitura do áudio em um patch com o tamanho de bloco default, e envie o sinal para um inlet~ de um subpatch onde você definiu o block/overlap desejado: deste modo é o inlet que vai ter o trabalho de dividir as coisas pra você. Acho que é a solução mais simples.
Outra alternativa é imitar a leitura como é feita no patch I07.phase.vocoder.pd, onde a tabela que contém o sinal é lida com tabread4~, mas aí você precisa gerar na mão (com line~) a lista de índices que você quer ler.
Sobre o seu problema do pitch, não entendi nada! Uma janela maior aumenta a resolução da análise, e consequentemente o número de osciladores e a qualidade da representação usada no PV. Se tá baixando o pitch é bug, mas para ajudar preciso de mais informação.