Desculpe uma distração eu fiz alinhamento e não coloquei como sendo seqs de DNA, por isso a pontuação deu 23.
Mas agora estão dando 3 valores (45,18,104) O valor q tem q levar em consideracao é o 18. Ok?
As saídas de 2 progs do clustal na web versao 1.82 e 1.83 sao as seguintes. (uzando as mesmas sequencias e alinhamento anterior)
http://www.ebi.ac.uk/clustalw
CLUSTAL W (1.82) Multiple Sequence Alignments
Sequence format is Pearson
Sequences (1:2) Aligned. Score: 45
Aligning...
Group 1: Sequences: 2 Score:104
Alignment Score 18
1 AATTCCTCCGG-
2 -GGCCTTCCTTA
* ***
-----------------------------------------------------
http://clustalw.genome.jpCLUSTAL W (1.83) Multiple Sequence Alignments
Sequence type explicitly set to DNA
Aligning...
Sequences (1:2) Aligned. Score: 45
Start of Multiple Alignment
Group 1: Sequences: 2 Score:104
Alignment Score 18
1 AATTCCTCCGG-
2 -GGCCTTCCTTA
* ***
Senao qual dos 3 valores q temos que levar em consideracao?
E qual a pontuação que temos q considerar?
Para todos os gap com (A-Z) = -6.66, e (gap - gap) = 0
E todas as demais = as do EP anterior.
Sendo assim a pontuacao do meu prog dá 91,5. Então está correto?
A saída das 16 seqs feitas com alinhamento usando DNA são
Group 1: Delayed
Group 2: Sequences: 2 Score:9071
Group 3: Sequences: 3 Score:9873
Group 4: Delayed
Group 5: Delayed
Group 6: Delayed
Group 7: Sequences: 2 Score:10704
Group 8: Sequences: 2 Score:10957
Group 9: Sequences: 4 Score:10730
Group 10: Sequences: 5 Score:10716
Group 11: Sequences: 6 Score:10616
Group 12: Sequences: 9 Score:9054
Group 13: Delayed
Group 14: Sequences: 2 Score:9844
Group 15: Sequences: 11 Score:7137
Sequence:7 Score:9553
Sequence:9 Score:9674
Sequence:2 Score:9475
Sequence:10 Score:9602
Sequence:14 Score:8288
Alignment Score 423146
Obrigado
Mauricio Cantão