Espacos iniciais, devo penalizar só o buraco, ou o buraco + abertura de buraco?
>>>> -H-(g* qtde) ou -(g * qtde)
Primeiro Caso:
AACT AA-CT
ATCT AT-CT
CT C---T
AATCT AATCT
AACT AA-CT
Segundo Caso:
AACT AA-CT
ATCT AT-CT
CT ---CT
AATCT AATCT
AACT AA-CT
Se for o primeiro caso, meu algoritimo esta errado pra dar aquele alinhamento?
Obrigado...
Não entendi a pergunta. O seu algoritmo pode estar certo mesmo produzindo um alinhamento ruim: o algoritmo é uma heurística -- tentativa de produzir um bom alinhamento, embora o alinhamento obtido pode ser bem ruim.
Espero que o que eu falei na aula dê para esclarecer a sua dúvida:
- para calcular alinhamento de 2 seqüências:
- não penalizar buracos nas extremidades;
- para outros buracos usar -H-(g* qtde) ou -(g * qtde), fica a seu critério.
- para calcular a pontuação do alinhamento das várias seqüências:
- penalizar ou não buracos nas extremidades, fica a seu critério;
- para outros buracos usar -H-(g* qtde) ou -(g * qtde), fica a seu critério.
Zé Augusto
Espero que o que eu falei na aula dê para esclarecer a sua dúvida:
- para calcular alinhamento de 2 seqüências:
- não penalizar buracos nas extremidades;
- para outros buracos usar -H-(g* qtde) ou -(g * qtde), fica a seu critério.
- para calcular a pontuação do alinhamento das várias seqüências:
- penalizar ou não buracos nas extremidades, fica a seu critério;
- para outros buracos usar -H-(g* qtde) ou -(g * qtde), fica a seu critério.
Zé Augusto
É que estou tentando resolver aquele exemplo do enunciado... e não ta dando muito legal..
Hmmmm, professor, sabe qual é o centro daquele exemplo do enunciado? Talvez o erro do meu possa estar nisso...
Ai iria colocar centro = X só pra testar...
OBS: Podia jurar que no enunciado tava escrito que era pra penalizar buracos nas extremidades hehe.. alterei tudo a toa :0. Vi la e li errado mesmo.. :*(
Hmmmm, professor, sabe qual é o centro daquele exemplo do enunciado? Talvez o erro do meu possa estar nisso...
Ai iria colocar centro = X só pra testar...
OBS: Podia jurar que no enunciado tava escrito que era pra penalizar buracos nas extremidades hehe.. alterei tudo a toa :0. Vi la e li errado mesmo.. :*(
A minha intenção ao mostrar aquele alinhamento era dar um "exemplo da representação do alinhamento". O alinhamento que vocês irão obter deve ser diferente daquele. Teoricamente, pode ser bem diferente. Não sei se na prática será muito diferente.
O Clustal obtém o alinhamento usando um algoritmo de alinhamento progressivo, e não o algoritmo estrela. E para fazer o alinhamento progressivo ele constrói uma árvore antes que serve de guia para fazer o alinhamento progressivo.
Zé Augusto
O Clustal obtém o alinhamento usando um algoritmo de alinhamento progressivo, e não o algoritmo estrela. E para fazer o alinhamento progressivo ele constrói uma árvore antes que serve de guia para fazer o alinhamento progressivo.
Zé Augusto