Realizar o setup da aplicação para que ela comece a utilizar Hibernate é relativamente simples.
Primordialmente, precisamos escrever o persistence.xml e colocá-lo na pasta META-INF do projeto. Mais detalhes sobre a implantação do persistence.xml podem ser vistos aqui: http://javahowto.blogspot.com/2007/06/where-to-put-persistencexml-in-web-app.html
Lembrando que é neste XML onde definimos os parâmetros de conexão com o banco de dados, qual database será utilizado, named queries, etc. Você pode ver um sample de persistence.xml p/ MySQL aqui: http://snipplr.com/view/4450/sample-persistencexml-that-uses-hibernate--mysql/
Em seguida, basta adicionar os jars dos projetos Hibernate Core, Hibernate Annotations e Hibernate Entity Manager (os três podem ser baixados em www.hibernate.org) no classpath do seu projeto. Para quem quiser, estou disponibilizando um zip (anexo) com um conjunto minimal de jars (suficiente para a maioria das aplicações).
A grosso modo, imagino que seja isto. Quaisquer dúvidas, por favor postem no fórum e o grupo tentará responder prontamente.
Abraços
Fórum