O alinhamento final tem que ficar de tal forma que o alinhamento do centro com qualquer outra seqüência corresponda ao ótimo obtido (a menos de colunas somente de espacos).
No exemplo, o alinhamento entre a primeira e terceira seqüências fica
A-CT
--CT
que corresponde, removendo a coluna só de espacos, ao alinhamento obtido anteriormente:
ACT
-CT
Zé Augusto