ola pessoal.
uma duvida sobre o alinhamento estrela. Quero saber se eu entendi certo uma regra.
Apos escolhido o centro, deve-se seguir a regra "once a gap always a gap". Ok.
Ao plotar isso no alinhamento multiplo, quando a sequencia centro que ganha um gap, essa posiçao receberá um gap em todas as outras no alinhamento multiplo, exceto naquela que forçou o gap na sequencia centro. Dessa maneira um exmplo:
ACT (escolhida como centro)
TCT
CT
ATCT
ACT
O pairwise do centro com todos fica:
ACT ACT A- CT ACT
TCT - CT ATCT ACT
No terceiro par a sequencia centro recebeu um gap na posiçao 1(apos o A). Pelo que entendi essa posiçao será sempre gap no alinhamento multplo, exceto na sequencia ATCT, que "criou" o gap na sequencia centro. Assim, o alinhamento final fica assim:
A-CT
T-CT
- - CT
ATCT
A- CT
Entendi corretamente?
O alinhamento está certo.
O alinhamento final tem que ficar de tal forma que o alinhamento do centro com qualquer outra seqüência corresponda ao ótimo obtido (a menos de colunas somente de espacos).
No exemplo, o alinhamento entre a primeira e terceira seqüências fica
que corresponde, removendo a coluna só de espacos, ao alinhamento obtido anteriormente:
Zé Augusto
O alinhamento final tem que ficar de tal forma que o alinhamento do centro com qualquer outra seqüência corresponda ao ótimo obtido (a menos de colunas somente de espacos).
No exemplo, o alinhamento entre a primeira e terceira seqüências fica
A-CT
--CT
que corresponde, removendo a coluna só de espacos, ao alinhamento obtido anteriormente:
ACT
-CT
Zé Augusto