Duvida sobre gap e extensao?

Duvida sobre gap e extensao?

por Mauricio Cantão -
Número de respostas: 2
Olá Prof, mesmo lendo as mensagens do fórum ainda estou com dúvidas a respeito de buracos.

Exemplo:

A-T--CTACGA
CT-GA--ATGG

A penalizacao de 30 é somente para o primeiro buraco de cada seq, os demais sao somados 6,66, independente de ser 2 buracos "--" consecutivos?

assim ficaria

A  -    T     -         -         C       T      A    C     G    A
C  T    -    G        A         -        -       A    T     G    G
0  30  30   6.66   6.66   6.66  6.66   19   9.5  19   9.5

totalizando -2*(30) + -4*(6.66)   + 2*(19) + -2*(9.5) =
                   -60      +    (-26,64)  +   38      + (-19)     = -67,64