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Olá,
pode tentar assim
sendo que n seja o número de substantivos com artigo, então

String[] artigos;
String[] substantivos;

artigos = new String[n];
substantivos = new String[n];

Se digita um substantivo com artigo por linha, então

for ( i = 0; i < n; i++)
{
artigos[i] = scaner.next();
substantivos[i] = scaner.next();
}

onde scaner é um objeto do tipo Scanner; ai armazena os substantivos e artigos em dois arrays diferentes

[]'s