Bom, descobri o problema e uma solução parcial (um atalho que evita o problema mas não é muito elegante).
Um pouco de história. As tags de arquivo mp3, chamadas de tags id3 já tiveram duas versões principais, chamadas de id3v1 e id3v2. Como tem aparelho mais antigo que só entende a primeira versão, é comum que arquivos mp3 tenham as duas tags (id3v1 para os aparelhos antigos, ela pode guardar menos informação. id3v2 para aparelhos mais novos).
Aparentemente ou o mutagen está atualizando as tags da versão 1 erradas ou o nautilus está se enrolando com as informações que o mutagen coloca lá.
Para passar por cima do problem vai ser preciso salvar duas vezes as tags. Assim ao invés de fazer:
audio.save()
Façam
# Salva as tags v2, apagando as v1
audio.save(v1=0)
# Cria de volta as tags v1 usando a informacao das v2
audio.save(v1=2)
Outra opção seria apagar todas as tags primeiro e depois salvar (e é melhor salvar as duas versões para que os arquivos possam ser usados em tocadores antigos):
audio.delete()
audio.save(v1=2)
Essa noite vou tentar identificar se o problema está na mutagen ou no nautilus e fazer um relatório de erro no lugar adequado.
Obrigado, Cláudia.
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