O meu ep estava demorando uns 20 min para processar todos os arquivos da pasta de testes, mas consegui arrumar e agora esta demorando muito menos.
No meu caso, o que estava tornando o ep lento não era a função que removia comentários (como eu estava imaginando) e sim a comparação entre os eps, após serem retirados os comentários, para poder preencher a matriz.
Basicamente eu chamava a função que removia comentários em toda as casas matriz[lin][col], para resolver isso eu removi todos os comentários antes de comparar os programas.
Espero que ajude alguém, pois realmente estava me fazendo quebrar a cabeça esse problema
Obs: tentei deixar o mais claro possível, mas sou uma anta escrevendo, desculpem-me.