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Como eles se moverão aleatóriamente, pode acontecer de um mesmo parar no local do outro correto?

Certo.
No exemplo da página do EP, no início da primeira iteração há 8 agentes infelizes e 4 vazias.
Logo, após se mudarem, pelo menos 4 desses agentes ocuparão casas que no início da iteração eram ocupadas por agentes infelizes, certo?

na hora de analisar o "mapa" final, fica parecendo que um dos valores não se moveu.

Certo.
Tem casa que saiu um corintiano infeliz (se bem que, no momento, eles não tem razão para isso) e entrou outro corintiano.
Para quem olha de longe todo corintiano é igual, mas para quem olha de perto sabe que é um outro corintiano que ocupa a casa.
Alias, esse outro corintiano pode até gostar da vizinhaça (especialemente se for Itaquera), dependo se houve ou não mais corintianos que se mudaram para o bairro.

se um agente com o "valor 1" foi para uma casa deixada por outro de "valor 1" olhando a matriz final parece que o primerio "1" que lá estava não trocou de casa

Certo.
Ainda olhando para o exemplo na página do EP, há um agente AZUL (=1) infeliz na posição [0][5].
Depois das mudanças há um agente AZUL (=1) na posição [0][5] ("não é o mesmo corintiano").

( zerar as casas do que irão se mover para então mover os que se devem mover) está correta?...

Na fase de mudanças, um por vez, cada agente:

escolhe uniformemente ao acaso uma dentre as casas VAZIAs, se muda para essa nova casa e deixa a sua casa VAZIA.