As motivacões para eu colocar o exemplo do Clustal foi (1) o Clustal é um programa popular que tem instalacão razoavelmente fácil; (2) para exemplificar o que se espera como saída do programa.
No caso das diferencas entre as pontuacões, elas devem ser devidas à pontuacão dos alinhamentos envolvendo incertezas. No exemplo que o Igor menciona, há um 'M' alinhado com 'C'. O Clustal deve estar pontuando esse alinhamento com 19, o que dá a diferenca mencionada. Como essas incertezas aparecem pouco nas seqüências, as pontuacões obtidas não devem ser muito diferentes.
As pontuacões entre todos os alinhamentos, de acordo com nossa pontuacão, pode ser encontrada em http://www.ime.usp.br/~jose/biocomp/projeto1/tabela.html. Eu dei uma acertada nessa tabela há pouco. Se alguém copiou os valores, copie outra vez!
Zé Augusto