Olá novamente.
No enunciado do E.P., há um exemplo de saída produzida pelo CLUSTAL W, para as seqüências AY425730 e AY425740.
Executei meu E.P. para esse par de seqüências e obtive o mesmo alinhamento (há uma diferença - um segmento de tamanho 3 -, mas ela não altera em nada a pontuação).
Porém, a pontuação total encontrada é diferente da que aparece no enunciado. A idéia era que desse igual?
Se era, informo que a pontuação que aparece no enunciado está errada (se for utilizado o esquema de pontuação sugerido pelo professor).
Se não era, fica um aviso para os alunos: não comparem a pontuação com a que aparece no enunciado.
É claro que eu posso estar enganado. Afinal, são 604 pares de caracteres! (é: deu trabalho calcular a pontuação manualmente)
Se alguém se der ao trabalho de conferir e achar outro resultado (os meus - o do programa e o manual - deram 9918,34), avise, por favor.
Abraços.
Igor.
Os resultados obtidos pelo Clustal e os nossos devem ser bem parecidos, porém não iguais.
As motivacões para eu colocar o exemplo do Clustal foi (1) o Clustal é um programa popular que tem instalacão razoavelmente fácil; (2) para exemplificar o que se espera como saída do programa.
No caso das diferencas entre as pontuacões, elas devem ser devidas à pontuacão dos alinhamentos envolvendo incertezas. No exemplo que o Igor menciona, há um 'M' alinhado com 'C'. O Clustal deve estar pontuando esse alinhamento com 19, o que dá a diferenca mencionada. Como essas incertezas aparecem pouco nas seqüências, as pontuacões obtidas não devem ser muito diferentes.
As pontuacões entre todos os alinhamentos, de acordo com nossa pontuacão, pode ser encontrada em http://www.ime.usp.br/~jose/biocomp/projeto1/tabela.html. Eu dei uma acertada nessa tabela há pouco. Se alguém copiou os valores, copie outra vez!
As motivacões para eu colocar o exemplo do Clustal foi (1) o Clustal é um programa popular que tem instalacão razoavelmente fácil; (2) para exemplificar o que se espera como saída do programa.
No caso das diferencas entre as pontuacões, elas devem ser devidas à pontuacão dos alinhamentos envolvendo incertezas. No exemplo que o Igor menciona, há um 'M' alinhado com 'C'. O Clustal deve estar pontuando esse alinhamento com 19, o que dá a diferenca mencionada. Como essas incertezas aparecem pouco nas seqüências, as pontuacões obtidas não devem ser muito diferentes.
As pontuacões entre todos os alinhamentos, de acordo com nossa pontuacão, pode ser encontrada em http://www.ime.usp.br/~jose/biocomp/projeto1/tabela.html. Eu dei uma acertada nessa tabela há pouco. Se alguém copiou os valores, copie outra vez!
Zé Augusto