Alinhamento de R com R: pontuação 0
Motivo: outros alinhamentos não previstos.
R não é bem uma base, mas representa um conjunto de bases e podemos considerar esse alinhamento como não previsto. Vamos pontuar com 0 qualquer alinhamento envolvendo esses conjuntos, exceto pelo N que consideramos pontuação 19 com qualquer outra coisa, mesmo que não for uma base.
Vamos definir como buraco uma seqüência maximal de '-' que aparece inserida numa seqüência alinhada. Então, a penalização desse buraco será -(30+6.66*k), onde k é o número de '-'s do buraco.
Zé Augusto
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