Vamos ver se eu entendi direito (duvido) as pontuações para o algoritmo de alinhamento do projeto.
Temos as seguintes pontuações (isso eu tirei do enunciado - então deve estar razoavelmente certo):
1. alinhamento de bases iguais. 19 pontos.
2. alinhamento de A com G (purinas). 9,5 pontos.
3. alinhamento de C com T (pirimidinas). 9,5 pontos.
4. abertura de buracos. 30 pontos.
5. extensão de buracos. 6,66 pontos.
6. outros alinhamentos não previstos. 0 ponto.
Para começar (esta eu acabei de notar): o item 4 conta 30 pontos mesmo? Não seriam 3 (ou algum outro número pequeno)?
Pelo que eu entendi, cada caso cobre os seguintes alinhamentos:
Caso 1 (bases iguais):
G com: G, R, K, S, B, V, D, N.
A com: A, R, M, W, H, V, D, N.
T com: T, Y, K, W, H, B, D, N.
...
M com: A, C, R, Y, M, S, W, H, B, V, D, N.
...
V com: G, A, C, R, Y, M, K, S, W, H, B, V, D, N (ou seja: qualquer coisa, menos T).
...
N com: qualquer coisa.
Em outras palavras: um alinhamento entre dois símbolos alfa e beta é coberto pelo caso 1 se e somente se existe pelo menos uma base representada pelo símbolo alfa que também é representada pelo símbolo beta.
Caso 2 (A com G):
G com: A, M, W, H (ou seja: qualquer coisa que contenha A e não contenha G - se contivesse G, estaria no caso 1).
A com: G, K, S, B (análogo ao anterior).
...
H com: G, K, S, B.
...
D com: nada.
N com: nada.
Em outras palavras: um alinhamento entre dois símbolos alfa e beta é coberto pelo caso 2 se e somente se ele não é coberto pelo caso 1, a base A é representada por um dos símbolos e a base G é representada pelo outro.
Bom... acho que com isso já deu pra perceber se eu entendi ou não, né?
Mas, ainda tenho outras dúvidas. :-)
Vamos lá...
O que quer dizer "não serão penalizados buracos nas extremidades"? Quantos pontos eu conto para cada alinhamento com buraco numa extremidade? Se eu não contar nada, eu estou penalizando, já que 0 é a menor pontuação possível em todos os outros casos.
E se eu tiver isto aqui?
A___
AGAC
Tenho três buracos seguidos na extremidade da direita. Penalizo dois e não penalizo o mais à direita? Ou não penalizo nenhum dos três?
O que é "abertura de buracos"?
Quantas aberturas de buracos eu tenho aqui?
A_G_
AG_G
Uma? Ou três?
Bem... acho que é só isso, por enquanto. :-)
Obrigado.
Igor.
Caso 1. É para considerar bases iguais N com qualquer coisa e G-G, A-A, T-T e C-C. Só isso!
Caso 2. É para considerar pontuacão 9.5 para alinhamentos C-G e A-T, somente estes.
Estou simplicando as pontuacões dessa forma. Considerar os outros casos descritos pelo Igor seria fácil, mas dá um trabalho chato para ficar colocando no algoritmo.
A pontuacão para abertura de um buraco é 30 (trinta). Isso é penalizacão! A abertura de buraco soma -30 na pontuacão do alinhamento. O mesmo vale para a extensão do buraco, que soma -6.66 na pontuacão.
Um buraco é uma seqüência maximal de alinhamento de símbolos com brancos. Não penalizar buraco na extremidade é somar zero na pontuacão.
O alinhamento
A--------
AGAC
tem pontuacao 19. O buraco na extremidade não é penalizado.
O alinhamento
A_G_
AG_G
Tem 3 buracos. Um deles não é penalizado. A pontuacao é de
19 - 30 - 30 - 6.66 - 6.66
Zé Augusto
Caso 2. É para considerar pontuacão 9.5 para alinhamentos C-G e A-T, somente estes.
Estou simplicando as pontuacões dessa forma. Considerar os outros casos descritos pelo Igor seria fácil, mas dá um trabalho chato para ficar colocando no algoritmo.
A pontuacão para abertura de um buraco é 30 (trinta). Isso é penalizacão! A abertura de buraco soma -30 na pontuacão do alinhamento. O mesmo vale para a extensão do buraco, que soma -6.66 na pontuacão.
Um buraco é uma seqüência maximal de alinhamento de símbolos com brancos. Não penalizar buraco na extremidade é somar zero na pontuacão.
O alinhamento
A--------
AGAC
tem pontuacao 19. O buraco na extremidade não é penalizado.
O alinhamento
A_G_
AG_G
Tem 3 buracos. Um deles não é penalizado. A pontuacao é de
19 - 30 - 30 - 6.66 - 6.66
Zé Augusto
Obrigado!
Já entendi quase tudo.
> Um buraco é uma seqüência maximal de alinhamento de símbolos
> com brancos.
E isso só vale se todos os símbolos estiverem do mesmo lado, certo?
> O alinhamento
> A_G_
> AG_G
> Tem 3 buracos. Um deles não é penalizado. A pontuacao é de
> 19 - 30 - 30 - 6.66 - 6.66
Um... então a abertura de um buraco ocorre ENTRE dois alinhamentos (e não EM um alinhamento), né? No caso acima, os alinhamentos
_ e G
G _
acabam, de certa forma, sendo penalizados com 36,66 cada um.
Correto?
Obrigado.
> > Um buraco é uma seqüência maximal de alinhamento de símbolos
> > com brancos.
> E isso só vale se todos os símbolos estiverem do mesmo lado, certo?
Certo!! De um mesmo lado e consecutivos. Com a definicão que dei em classe seria mais correto falar em segmento maximal. Mas faltaria dizer que precisa ser do mesmo lado.
> > O alinhamento
> > A_G_
> > AG_G
> > Tem 3 buracos. Um deles não é penalizado. A pontuacao é de
> > 19 - 30 - 30 - 6.66 - 6.66
> Um... então a abertura de um buraco ocorre ENTRE dois alinhamentos (e não EM > um alinhamento), né?
Não entendi a observacão. Um alinhamento inclui as duas seqüências. Só faz sentido falar em buracos de um alinhamento.
> No caso acima, os alinhamentos
> _ e G
> G _
> acabam, de certa forma, sendo penalizados com 36,66 cada um.
> Correto?
Certo.
Zé Augusto
> > com brancos.
> E isso só vale se todos os símbolos estiverem do mesmo lado, certo?
Certo!! De um mesmo lado e consecutivos. Com a definicão que dei em classe seria mais correto falar em segmento maximal. Mas faltaria dizer que precisa ser do mesmo lado.
> > O alinhamento
> > A_G_
> > AG_G
> > Tem 3 buracos. Um deles não é penalizado. A pontuacao é de
> > 19 - 30 - 30 - 6.66 - 6.66
> Um... então a abertura de um buraco ocorre ENTRE dois alinhamentos (e não EM > um alinhamento), né?
Não entendi a observacão. Um alinhamento inclui as duas seqüências. Só faz sentido falar em buracos de um alinhamento.
> No caso acima, os alinhamentos
> _ e G
> G _
> acabam, de certa forma, sendo penalizados com 36,66 cada um.
> Correto?
Certo.
Zé Augusto
> > Um... então a abertura de um buraco ocorre ENTRE dois
> > alinhamentos (e não EM um alinhamento), né?
>
> Não entendi a observacão. Um alinhamento inclui as duas
> seqüências. Só faz sentido falar em buracos de um alinhamento.
Ops! Eu estava falando do alinhamento de um símbolo com outro (e não de seqüências).
De qualquer forma, acho que já entendi tudo.
Obrigado.
Igor.
> > alinhamentos (e não EM um alinhamento), né?
>
> Não entendi a observacão. Um alinhamento inclui as duas
> seqüências. Só faz sentido falar em buracos de um alinhamento.
Ops! Eu estava falando do alinhamento de um símbolo com outro (e não de seqüências).
De qualquer forma, acho que já entendi tudo.
Obrigado.
Igor.
Na minha mensagem acima, o caso 2 está com as bases erradas.
O certo é:
Caso 2. É para considerar pontuacão 9.5 para alinhamentos A-G (purinas) e C-T (pirimidinas), somente estes.
Zé Augusto
O certo é:
Caso 2. É para considerar pontuacão 9.5 para alinhamentos A-G (purinas) e C-T (pirimidinas), somente estes.
Zé Augusto
Ainda estou confuso com as pontuações... afinal, qdo achar as combinaçoes de bases como R, Y, M, etc... como devo pontuar?
Por exemplo: Ao alinhar um M com um A, qual pontuação devo dar para esse alinhamento?
E para o exemplo mais simples de alinhamento de A com T?
Alinhar M com A: pontuação 0
Motivo: outros alinhamentos não previstos.
Alinhar A com T: pontuação 0
Motivo: outros alinhamentos não previstos.
Zé Augusto
Motivo: outros alinhamentos não previstos.
Alinhar A com T: pontuação 0
Motivo: outros alinhamentos não previstos.
Zé Augusto
Também estou com dificuldade nesta parte, a dúvida está justamente nos símbolos que representando grupos de bases, e não as ACTG.
Então la vai mais um exemplo:
- Alinhamento de R com R, se encaixa no caso 1 (alinhamento de bases iguais) ou caso 2 (alinhamento de A com G)?
De acordo com sua primeira resposta, não seria o caso 1, mas seria o caso 2?
-------------------------------------------------------------------------------------------
Quanto aos espaços em branco, não entendi o porquê de -36,6 ao invés de -30...
- é porque são buracos consecutivos?
- Se sim, então consecutivos não precisa ser necessariamente na mesma sequencia, certo?
- Não deveria contar -30 pro primeiro buraco e -36,6 pro segundo?
A_....
_T.....
Obrigado novamente.
Paulo
Então la vai mais um exemplo:
- Alinhamento de R com R, se encaixa no caso 1 (alinhamento de bases iguais) ou caso 2 (alinhamento de A com G)?
De acordo com sua primeira resposta, não seria o caso 1, mas seria o caso 2?
-------------------------------------------------------------------------------------------
Quanto aos espaços em branco, não entendi o porquê de -36,6 ao invés de -30...
- é porque são buracos consecutivos?
- Se sim, então consecutivos não precisa ser necessariamente na mesma sequencia, certo?
- Não deveria contar -30 pro primeiro buraco e -36,6 pro segundo?
A_....
_T.....
Obrigado novamente.
Paulo
Alinhamento de R com R: pontuação 0
Motivo: outros alinhamentos não previstos.
R não é bem uma base, mas representa um conjunto de bases e podemos considerar esse alinhamento como não previsto. Vamos pontuar com 0 qualquer alinhamento envolvendo esses conjuntos, exceto pelo N que consideramos pontuação 19 com qualquer outra coisa, mesmo que não for uma base.
Vamos definir como buraco uma seqüência maximal de '-' que aparece inserida numa seqüência alinhada. Então, a penalização desse buraco será -(30+6.66*k), onde k é o número de '-'s do buraco.
Zé Augusto
Motivo: outros alinhamentos não previstos.
R não é bem uma base, mas representa um conjunto de bases e podemos considerar esse alinhamento como não previsto. Vamos pontuar com 0 qualquer alinhamento envolvendo esses conjuntos, exceto pelo N que consideramos pontuação 19 com qualquer outra coisa, mesmo que não for uma base.
Vamos definir como buraco uma seqüência maximal de '-' que aparece inserida numa seqüência alinhada. Então, a penalização desse buraco será -(30+6.66*k), onde k é o número de '-'s do buraco.
Zé Augusto