Olá.
Para que outros não tenham o mesmo trabalho que eu, coloquei na minha página (em http://www.ime.usp.br/~igorrs/AY.txt) os dados de entrada a serem utilizados no projeto (veja a seção "Coletando os dados", no enunciado).
Todas as seqüências estão em um único arquivo, no formato sugerido na seção "Armazenando os dados".
Acho que está tudo certo (fiz com cuidado), mas não posso garantir. Se alguém achar erro, avise.
Igor.