Olá Marcelo
Creio que nossas implementações devam estar parecidas. Talves eu não consegui me expressar direito no texto. Para evitar lidar com leitura de arquivos no meio do processamento eu leio todo ele antes e armazeno em um array. Por isto minha explicação lida com conjunto de osciladores e não com linhas do arquivo. No fim, sei que é a mesma coisa.
Não há um conjunto de amostras a serem repetidas mas um conjunto de osciladores que gerarão amostras por um determinado período de tempo. O que pode ser necessário é gerar mais ou menos amostras com o mesmo conjunto de osciladores. Eu não faço esta conta com quantidade de tempo mas sim quantas amostras eu devo gerar com cada conjunto de osciladores.
Respondendo também a mensagem do André abaixo, eu fui resolvendo o problema aos poucos. Na primeira implementação eu trabalhei apenas com arquivos sem overlap (M=1) e sem alfa (a=1).Neste caso eu contava de n em n. O segundo passo foi adicionar o overlap (M != 1) e então foi necessário contar de um em um. O terceiro passo foi colocar o parâmetro alfa. Resolver passo a passo me ajudou a implementar e ter certeza do resultado que esperava.
Sei que o que foi pedido é que o alfa variasse a cada linha do arquivo. O ajuste mais fino que consegui fazer com o alfa foi calculá-lo a cada bloco de amostra do PD, sem comprometer o resultado final.
Acho que é isto. Desculpem-me se acabei atrapalhando em vez de ajudar.