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DÚVIDA: a tabela do enunciado sugere que eu também devo utilizar, por exemplo, o modelo A para classificar os pixels do próprio A. Parece razoável, mas eu gostaria de uma confirmação. É isso mesmo?

sim, eh isso mesmo.
A tabela é conhecida como confusion matrix, e é utilizada para comparar o desempenho dos classificadores. Dependendo do limiar que voce definiu, e cada classificador pode ter um limiar diferente, em todos os elementos que você utiliza para treinar são reconhecidos pelo classificador.
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