Ola,
Procurei na Net e achei 3 sites que fala sobre como é a padronização que é utilizado nos programas que tem como entrada arquivos em formato FASTA.
Os links são
http://www.g2l.bio.uni-goettingen.de/blast/fastades.html
http://ngfnblast.gbf.de/docs/fasta.html
http://gnomix.ansci.umn.edu/FASTA.html
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