Olá Marlon,
"Posso considerar que no arquivo de entrada, em cada linha terei o newline (\n) e que a cada tripla eu terei espaços em branco(x ESPAÇO y ESPAÇO z\n)?"
Sim, cada linha da entrada será terminada por um '\n' (senão não seria uma linha!) e haverá pelo menos um espaço (pode haver mais) separando os elementos das triplas.
Se você usar "%d" para ler os inteiros da entrada, o "%d" pulará automaticamente todos os espaços em branco presentes na entrada. Aqui "espaços em branco" inclui tanto os espaços propriamente ditos (os caracteres ' ') como os newlines (os caracteres '\n').
"Terei, obrigatoriamente, que usar lista encadeada?"
De onde você tirou essa idéia? Não tem lista encadeada neste EP! Os assuntos do EP2 são recursão, ponteiros, malloc/free, structs, matrizes...