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Palestras de Biologia Computacional: não haverá aula!
Nesta semana estão visitando o DCC
Vincent Lacroix e Marie-France Sagot
do Lab. Biométrie and Biologie Évolutive da
Univ. Claude Bernard, Lyon, France.
Em virtude desta visita estão programas 3 palestras em Biologia Computacional.
Vincent Lacroix: 8/12, quarta-feira, às 14:00
Sala 101-B, Bloco B
Said Sadique Adi: 8/12, quarta-feira, às 16:00
Sala 101-B, Bloco B
Marie-France Sagot: 10/12, sexta-feira, às 14:00
Sala 252-A, Bloco A
Os locais e resumos das três palestras estão no fim desta mensagem.
Todos são bem-vindos!!
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Atividades dentro do projeto PRONEX Complexidade de Estruturas Discretas (Projeto ProNEx 107/97; Proc. CNPq 664107/1997-4) e do Projeto Temático ProNEx Foundations of Computer Science:
Combinatorial Algorithms and Discrete Structures (FAPESP/CNPq Proc. No. 2003/09925-5)
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Seminário de Teoria da Computação e Combinatória
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Título: Analysis of Biochemical Networks
Palestrante: Vincent Lacroix
BAOBAB Team
Inria Rhône-Alpes and Lab. Biométrie and
Biologie Évolutive, Univ. Claude Bernard,
Lyon, France
Local: Sala 101-B, Bloco B
Data: quarta-feira, 8 de dezembro, às 14:00
Cellular processes such as metabolism, gene regulation or signal transduction imply the participation of many molecules that interact with each other to perform a given task. The study of molecules alone has already proved to be
very useful in understanding these processes but another step is necessary: the study of interactions between those molecules. Data is now becoming available to reconstruct these huge networks of interactions. Metabolic networks can
be represented as graphs on which one can perform systematic analysis in order to be able to give insights both on how the network functions and how it has evolved. In order to adress these questions, the problem of motif search in a
metabolic graph will be presented, leading to both
biological problems (how to give a relevant definition of motif) and algorithmical problems (how to optimize the search).
This is a joint work with Marie-France Sagot.
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Seminário de Topicos de Otimização Combinatória
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Título: Uma nova ferramenta para identificação de genes por
comparação de seqüências
Palestrante: Said Sadique Adi
Local: Sala 101-B, Bloco B
Data: quarta-feira, 8 de dezembro, às 16:00
O problema da identificação de genes consiste em, dada uma seqüência de DNA, identificar as regiões codificantes, também chamadas de éxons, nela presentes. Essa é não é uma tarefa fácil dada a presença de longos íntrons (regiões não-codificantes) nas seqüências e a falta de um padrão que permita distingüir os éxons das outras partes da seqüência sendo analisada. Dada a tendência de conservação dos éxons durante a evolução (Princípio de Conservação das Bases), uma
estratégia utilizada na tarefa de identificação de genes consiste em comparar duas ou mais seqüências na busca pelos seus éxons.
Nesse seminário apresentaremos a idéia de uma nova
ferramenta de identificação de genes baseada na comparação de seqüências genômicas. Para isso, introduziremos a noção de alinhamento sintênico e mostraremos como esse tipo de alinhamento, em conjunto com outras informações sobre as seqüências, pode ser aplicado ao problema em questão.
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Seminário de Teoria da Computação e Combinatória
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Título: Some questions around genome rearrangements
Palestrante: Marie-France Sagot
BAOBAB Team
Inria Rhône-Alpes and Lab. Biométrie and
Biologie Évolutive, Univ. Claude Bernard,
Lyon, France
Local: Sala 252-A, Bloco A
Data: sexta-feira, 10 de dezembro, às 14:00
In this talk, we present the problem of sorting by signed reversals. This is inspired by a genome rearrangement problem in computational molecular biology. Given two genomes represented as signed permutations of the same elements (e.g. orthologous genes), the problem consists in
finding a most parsimonious scenario of reversals that transforms one genome into the other. The best known algorithms run in time O(n^2), the main obstacle to an improvement being a costly operation of detection of so-called ``safe'' reversals. There was an open question by
Ozery-Flato and Shamir whether a subquadratic complexity could ever be achieved for solving this problem. We answer positively to this question by proposing a method for sorting a signed permutation by reversals in O(n sqrt(n log n)) that bypasses the detection of safe reversals. The algorithm relies on many ideas by previous
authors for addressing the problem. In the talk, we spend therefore quite some time surveying the theory that was developed over the years concerning sorting by reversals. We also quickly sketch some of main issues and questions around
genome rearrangements.
This is a joint work with Eric Tannier.
Vincent Lacroix e Marie-France Sagot
do Lab. Biométrie and Biologie Évolutive da
Univ. Claude Bernard, Lyon, France.
Em virtude desta visita estão programas 3 palestras em Biologia Computacional.
Vincent Lacroix: 8/12, quarta-feira, às 14:00
Sala 101-B, Bloco B
Said Sadique Adi: 8/12, quarta-feira, às 16:00
Sala 101-B, Bloco B
Marie-France Sagot: 10/12, sexta-feira, às 14:00
Sala 252-A, Bloco A
Os locais e resumos das três palestras estão no fim desta mensagem.
Todos são bem-vindos!!
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Atividades dentro do projeto PRONEX Complexidade de Estruturas Discretas (Projeto ProNEx 107/97; Proc. CNPq 664107/1997-4) e do Projeto Temático ProNEx Foundations of Computer Science:
Combinatorial Algorithms and Discrete Structures (FAPESP/CNPq Proc. No. 2003/09925-5)
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Seminário de Teoria da Computação e Combinatória
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Título: Analysis of Biochemical Networks
Palestrante: Vincent Lacroix
BAOBAB Team
Inria Rhône-Alpes and Lab. Biométrie and
Biologie Évolutive, Univ. Claude Bernard,
Lyon, France
Local: Sala 101-B, Bloco B
Data: quarta-feira, 8 de dezembro, às 14:00
Cellular processes such as metabolism, gene regulation or signal transduction imply the participation of many molecules that interact with each other to perform a given task. The study of molecules alone has already proved to be
very useful in understanding these processes but another step is necessary: the study of interactions between those molecules. Data is now becoming available to reconstruct these huge networks of interactions. Metabolic networks can
be represented as graphs on which one can perform systematic analysis in order to be able to give insights both on how the network functions and how it has evolved. In order to adress these questions, the problem of motif search in a
metabolic graph will be presented, leading to both
biological problems (how to give a relevant definition of motif) and algorithmical problems (how to optimize the search).
This is a joint work with Marie-France Sagot.
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Seminário de Topicos de Otimização Combinatória
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Título: Uma nova ferramenta para identificação de genes por
comparação de seqüências
Palestrante: Said Sadique Adi
Local: Sala 101-B, Bloco B
Data: quarta-feira, 8 de dezembro, às 16:00
O problema da identificação de genes consiste em, dada uma seqüência de DNA, identificar as regiões codificantes, também chamadas de éxons, nela presentes. Essa é não é uma tarefa fácil dada a presença de longos íntrons (regiões não-codificantes) nas seqüências e a falta de um padrão que permita distingüir os éxons das outras partes da seqüência sendo analisada. Dada a tendência de conservação dos éxons durante a evolução (Princípio de Conservação das Bases), uma
estratégia utilizada na tarefa de identificação de genes consiste em comparar duas ou mais seqüências na busca pelos seus éxons.
Nesse seminário apresentaremos a idéia de uma nova
ferramenta de identificação de genes baseada na comparação de seqüências genômicas. Para isso, introduziremos a noção de alinhamento sintênico e mostraremos como esse tipo de alinhamento, em conjunto com outras informações sobre as seqüências, pode ser aplicado ao problema em questão.
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Seminário de Teoria da Computação e Combinatória
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Título: Some questions around genome rearrangements
Palestrante: Marie-France Sagot
BAOBAB Team
Inria Rhône-Alpes and Lab. Biométrie and
Biologie Évolutive, Univ. Claude Bernard,
Lyon, France
Local: Sala 252-A, Bloco A
Data: sexta-feira, 10 de dezembro, às 14:00
In this talk, we present the problem of sorting by signed reversals. This is inspired by a genome rearrangement problem in computational molecular biology. Given two genomes represented as signed permutations of the same elements (e.g. orthologous genes), the problem consists in
finding a most parsimonious scenario of reversals that transforms one genome into the other. The best known algorithms run in time O(n^2), the main obstacle to an improvement being a costly operation of detection of so-called ``safe'' reversals. There was an open question by
Ozery-Flato and Shamir whether a subquadratic complexity could ever be achieved for solving this problem. We answer positively to this question by proposing a method for sorting a signed permutation by reversals in O(n sqrt(n log n)) that bypasses the detection of safe reversals. The algorithm relies on many ideas by previous
authors for addressing the problem. In the talk, we spend therefore quite some time surveying the theory that was developed over the years concerning sorting by reversals. We also quickly sketch some of main issues and questions around
genome rearrangements.
This is a joint work with Eric Tannier.
Última atualização: quarta-feira, 29 dez. 2010, 21:00