Faça seu programa apresentar uma mensagem de erro (algo como "data inválida") se o usuário colocar um dia negativo.
Basta usar dia igual a zero como critério de finalização. Se o ano ou o mês for zero o programa pode apresentar uma mensagem de erro ("data inválida") e continuar rodando.
Quanto ao "critério das anotações"... Acho que você se refere aos comentários, certo? É principalmente bom senso. A finalidade dos comentários é ajudar um leitor que conheça a linguagem C. Os comentários devem esclarecer como o programa funciona. Lembre-se que eles se destinam ao leitor proficiente na linguagem. Este é um exemplo de comentário supérfluo, pois ele não traz nenhuma informação nova ao leitor que sabe C:
i = i + 1; /* soma 1 à variavel i */
Freqüentemente são colocados comentários junto às declarações das variáveis, para explicar o significado e a utilização de cada variável. Uma alternativa é escolher nomes de variáveis que sejam auto explicativos.
Quem usar funções (isto, é, quem tiver suas próprias definições de funções no EP) deve colocar no início de cada função um comentáro explicando o que a função faz, que parâmetros ela recebe e o que ela devolve.
Se preferir colocar chaves em todo while, for, if e else, mesmo quando as chaves forem desnecessárias (ou seja, quando houver só um comando dentro do while, for, if ou else), pode fazer isso. Muita gente prefere colocar as chaves sempre, por clareza.