Use dois laços aninhados, assim como se faz quando imprimimos uma matriz.
Porém, em vez de usar o comando System.out.println, faça a atribuição do valor de inicialização.
for (int i = 0; i < nLinhas; i++) {
for (int j = 0; j < nColunas; j++) {
matriz[i][j] = valorInicial;
}
}Abraço,
Vinícius