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> O vetor nome ficará assim?
> nome[0] = meuep
> nome[1] = e.o
> nome[2] = e2.o
> nome[3] = e.0
> nome[5] = e.c
> nome[6] = e.h
> nome[7] = clean
[...]

Você tem um "e.o" e um "e.O", certo!?
O seu vetor de nome está ok.
Se você queria escrever "e.o" as duas vezes então está sobrando um vértice.
A cada vértice corresponde um único nome e a cada nome corresponde um único vértice.

> O vetor comandos ficará assim?
> comandos[0] = gcc e.o e2.o -o meuep
> comandos[3] = gcc alguma coisa
> comandos[7] = rf alguma coisa2

Certo.
Mais ainda,

comandos[1]==NULL
comandos[2]==NULL 
[...]