Bruno,
Vocês devem manter os testes sim. Aliás, eles devem ser a garantia de que as mudanças que vocês fizeram nesta fase da implementação não introduziram erros no que funcionava corretamente na fase anterior.
Além disso, se julgarem pertinente, vocês podem criar novos testes relacionados às novas funcionalidades implementadas.
Até mais,
Kelly