Vocês podem usar as flags que julgarem pertinentes.
Mas aproveito para lembrá-los de que, juntamente com o código-fonte, vocês devem entregar um Makefile, onde estará definido tudo o que é preciso para que o executável do programa seja gerado corretamente. É por essa razão que cada grupo terá a liberdade de usar suas próprias configurações.
Alguns exemplos de flags que são sempre bem-vindas: -ansi, -pedantic, -Wall, -O2 (obs: não use esta última se você estiver gerando código para depuração)