Ah, sim, sobre o rfft~ produzir 32 valores de análise e 32 ZEROS, isso é o comportamento normal dele. Ao invés de calcular a fft completa (64 valores) ela produz somente a parte correspondente às frequências 0,R/N,2R/N,...,(N/2)R/N=R/2, e o resto ele nem calcula. Na fft completa, os valores restantes são complexo-conjugados dos valores iniciais: FFT(N-k)=FFT(k)*.
Nós só vamos usar os resultados das contas para os índices 1 a (N/2)-1, então não se preocupe com estes índices a mais. Monte o patch correspondente às contas que precisam ser feitas (e que serão feitas nos vetores inteiros, inclusive na porção de ZEROS), e só na hora de escrever no arquivo texto é que você vai selecionar os valores de 1 a (n/2)-1 (usando as opções "first 1" e "last (N/2)-1" no fprintf~).