Basta fazer direto a operação $frequencia{$1}++; você só precisa ter cuidado com o contexto: por exemplo, se você quiser imprimir todas as chaves de um hash de frequências de vogais, se ao contar as vogais de um texto a vogal "i" não aparecer nenhuma vez, ao iterar para todas as vogais na hora de imprimir, na vez de $frequencia{'i'} você teria um warning de undef.
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