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Sim, pode usar a função fgetc e a constante EOF. Em classe eu sugeri o uso de fscanf com "%c":

int retval;
char ch;
...
retval = fscanf(entrada, "%c", &ch);
if (retval == EOF) {
... /* fim do arquivo de entrada */
}

O fgetc tem o mesmo efeito. A comparação com EOF funciona sim, desde que você guarde o valor devolvido por fgetc numa variável tipo int (e não numa variável tipo char):

int ch;
...
ch = fgetc(entrada);
if (ch == EOF) {
... /* fim do arquivo de entrada */
}