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Acho que só posso responder duas coisas (o resto é com o professor mesmo):

5) sscanf é como um scanf normal, mas em vez de olhar o que foi digitado, ou como no caso do fscanf, o conteúdo de um arquivo, o sscanf usa uma string.
Se você der um sscanf(string,  "%d", &v) ele vai procurar um inteiro no meio dessa string (ou pelo menos seria pra fazer isso, usei esse comando muito pouco). Aqui está um exemplo : http://www.cplusplus.com/reference/clibrary/cstdio/sscanf.html
Referencia da biblioteca stdio.h -> tem todas as funções com exemplo. Em inglês

7) Sim, depois de fazer esse filtro você deve ficar com todos os parâmetros da imagem modificados, para quando salvar a imagem ela ter todos os parâmetros corretos. No caso do pgm são maxval, p (colunas) e q(linhas) (isso se o p e o q forem mesmo colunas e linhas)(não estou com o enunciado do EP aqui) . Se não esses parâmetros não forem modificados o próximo filtro será aplicado de forma errada.

1) Comentários seguramente não podem aparecer dentro da matriz binária. Como eu não sabia ao certo se eles podem aparecer dentro da matriz em ASCII, fui olhar a definição do formato PGM e continuei na dúvida...  Acho que comentários não podem aparecer dentro da matriz em ASCII, mas a definição do formato PGM não diz isso explicitamente. Para efeito do nosso EP, vocês podem supor que comentários nunca aparecerão dentro da matriz em ASCII. (Uma dica para vocês lidarem com comentários: olhem a função ungetc, definida em <stdio.h>. Com essa função fica muito fácil lidar com comentários em qualquer lugar, até mesmo dentro da matriz em ASCII.)

2) Pode "soltar a imaginação" sim.

3) Sim, p determina linhas. Vou corrigir o enunciado. (Já vi que também há um erro no arquivo esqueleto.c: em vez de "while (option != 0)", deveria ser "while (option != 9)". Corrigirei isso também. Quem achar outros erros, avise por favor!)

4) Sim, pode ler com scanf("%d", &variavel).

5)  É o que o Igor explicou. (Ótimo link, Igor. Esse eu não conhecia. Vou colocar na página da disciplina, sob "Recursos Adicionais na Internet".)

6) Porque eu escrevi aquele código às pressas e não pensei muito nisso... Essa parte ficou ruim, pois o fscanf(entrada, "%s", key) vai querer ler uma seqüência de caracteres delimitada pelo pŕoximo branco (whitespace: espaço, newline, tab, ...) e guardar essa seqüência em key. Se o branco demorar para aparecer e a seqüência tiver mais que 127 caracteres, o fscanf(entrada, "%s", key) colocará os caracteres "excedentes" nas posições de memória que vem depois do vetor key. Ou seja, vai dar pau. O certo é fazer o que eu fiz para ler o nome do arquivo de entrada (chamar fgets e depois sscanf) ou então ler os elementos de key caractere a caractere.

7) Sim, como o Igor já explicou.

8) Chamar system("eog tmpfile.pgm &") resolve só uma parte do problema. O controle volta imediatamente para o seu programa, mas aí o programa não tem como fechar a janela do visualizador. Cada ativação do visualizador abre uma nova janela e o usuário tem que ficar fechando as janelas que vão sendo abertas. Caso ele não feche essas janelas, elas permanecerão abertas mesmo depois que a execução do seu programa terminar.

Eu tenho uma dúvida quanto ao cálculo da matriz Med...

Que algumas coordenadas, como (0,0), não tenham vizinhança bem-definida e recebam 0 está ok...
Mas vamos supor que p = q = 5
Na matriz exemplo da seção 1 do enunciado do EP, a única coordenada para a qual seria possível o cálculo da mediana seria a (3,3), enquanto as coordenadas restantes receberiam 0, é isso mesmo??? pq para as outras coordenadas, nesse caso, há "pontos fora da matriz", assim como no caso (0,0).

Obrigado!!